摘要:
最近的研究強(qiáng)調(diào),真菌菌絲殘?bào)w是土壤C和N輸入和儲(chǔ)存的重要組成部分。因此,識(shí)別控制真菌殘?bào)w分解的微生物群落和生態(tài)因子將為了解真菌有機(jī)質(zhì)如何影響森林土壤C和養(yǎng)分循環(huán)提供關(guān)鍵的見解。我們調(diào)查了真菌殘?bào)w上定殖的微生物群落的長(zhǎng)期動(dòng)態(tài)過(guò)程,利用不同網(wǎng)孔大小的培養(yǎng)袋以控制植物根系和微生物分解者的參與。在30個(gè)月的培養(yǎng)過(guò)程中,殘?bào)w相關(guān)的細(xì)菌和真菌群落在分類和功能上都很豐富,寡營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌和根相關(guān)真菌(即ECM真菌、ERM真菌和內(nèi)生真菌)的豐度在網(wǎng)袋分解后期增加。殘?bào)w相關(guān)的β-葡萄糖苷酶活性在6個(gè)月時(shí)最高,而亮氨酸氨基肽酶在18個(gè)月時(shí)最高?;跐u近分解模型,根的存在與真菌殘?bào)w最初更快的分解速率有關(guān),但導(dǎo)致在稍后的采樣時(shí)間內(nèi)真菌殘?bào)w保留的更多。這些結(jié)果表明,微生物群落組成和酶活性在分解真菌殘?bào)w過(guò)程中保持動(dòng)態(tài)變化,根系及其共生真菌導(dǎo)致微生物殘?bào)w周轉(zhuǎn)隨著時(shí)間的推移而減慢。
關(guān)鍵詞:
細(xì)菌,北方森林土壤,C循環(huán),ECM真菌,ERM真菌,真菌殘?bào)w,真菌,菌絲周轉(zhuǎn)。
研究背景:
死亡的真菌菌絲(以下簡(jiǎn)稱真菌殘?bào)w)在土壤C、N循環(huán)中發(fā)揮著重要的作用。但迄今為止的大多數(shù)研究集中于短期的真菌殘?bào)w質(zhì)量損失以及與殘?bào)w分解相關(guān)的早期定殖的微生物群落。考慮到真菌殘?bào)w較難降解部分的長(zhǎng)期存在,微生物分解者在何種程度上仍然活躍地占據(jù)這些部分尚不清楚。此外,很少有研究測(cè)量了與真菌殘?bào)w分解相關(guān)的酶,這與基于序列的鑒定可以幫助確定不同微生物分解者群體的目標(biāo)資源。最后,根系可以加速或延緩?fù)寥烙袡C(jī)質(zhì)的分解。并且根系的存在也會(huì)影響各種與根系相關(guān)的微生物豐度,包括ECM真菌。然而目前尚不清楚隨著時(shí)間的推移與根系相關(guān)的ECM真菌是如何影響真菌殘?bào)w的。
研究?jī)?nèi)容:
基于此,本研究對(duì)含有真菌殘?bào)w的網(wǎng)袋首先進(jìn)行了高通量測(cè)序來(lái)識(shí)別6、18和30個(gè)月土壤培養(yǎng)后與真菌殘?bào)w分解相關(guān)的細(xì)菌和真菌群落。其次,在同一采樣時(shí)間內(nèi),定量了3種針對(duì)不同的C和N組分的酶(β-葡萄糖苷酶、亮氨酸氨基肽酶和N-乙酰葡萄糖苷酶)的活性。第三,重新分析了真菌殘?bào)w質(zhì)量損失率,以評(píng)估早期和后期取樣時(shí)根系存在的潛在不同影響。
研究方法:
本研究在赫爾辛基大學(xué)Hyyti?l?林業(yè)野外觀測(cè)站和SMEAR II生態(tài)-大氣關(guān)系測(cè)量站進(jìn)行。將原位培養(yǎng)的Chondrostereum purpureum殘?bào)w放入3種不同孔徑(1、50、1000μm)的尼龍網(wǎng)袋中,再將網(wǎng)袋隨機(jī)埋入有機(jī)層和礦質(zhì)層之間,并于分解的第6、18和30個(gè)月時(shí)收獲。
研究結(jié)果:
1.?與真菌殘?bào)w相關(guān)的細(xì)菌和真菌群落
細(xì)菌OTU豐富度隨時(shí)間增加相對(duì)穩(wěn)定,而真菌群落的OTU豐富度隨時(shí)間增加而增加(圖1)。此外,細(xì)菌和真菌群落的OTU豐富度隨著網(wǎng)孔的減小而顯著降低。
圖1?不同培養(yǎng)時(shí)間或網(wǎng)孔大小的細(xì)菌和真菌的OTU豐富度;不同小寫字母表示有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p ≤0.05)
NMDS分析顯示,與1000μm網(wǎng)袋上的定殖的細(xì)菌群落相比,50μm和1μm的細(xì)菌群落更為相似(圖2a)。培養(yǎng)時(shí)間是控制細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的主要因素,解釋了20.3%的OTU組成變化(圖2b)。細(xì)菌群落主要由Acidobacteria、Actinobacteria、Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Bacilli、Bacteroidia和Verrucomicrobiae等組成(圖2c)。Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Bacteroidia是培養(yǎng)6個(gè)月后最豐富的綱,Acidobacteriia、Actinobacteria、Bacilli和 Verrucomicrobiae培養(yǎng)30個(gè)月后逐漸成為占優(yōu)勢(shì)的綱。另外,50 μm和1 μm的真菌群落也更為相似(圖2d)。培養(yǎng)時(shí)間和孔徑顯著影響真菌群落組成,解釋了OTU組成變化的5.7%和4.5%(圖2e)。在所有采樣時(shí)間點(diǎn),真菌群落以Mucoromycetess綱(高達(dá)75%)為主,其次是Agaricomycetes、Eurotiomycetes、Leotiomycetes綱(圖2f)。在1000 μm菌袋中,Mucoromycetess的相對(duì)豐度隨時(shí)間的延長(zhǎng)而減少,而在50 μm和1 μm菌袋中,Mucoromycetess的相對(duì)豐度在整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中仍占主導(dǎo)地位
圖2?不同培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔徑大小的OTU組成的(a)細(xì)菌和(d)真菌群落的非度量多維尺度(NMDS)分析。不同培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔徑大小的基于排列多變量方差分析(PERMANOVA)解釋(b)細(xì)菌和(e)真菌OTU組成的方差,培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔大小單獨(dú)處理。不同培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔徑大小的(c)細(xì)菌和(f)真菌綱相對(duì)豐度。
在三個(gè)采樣時(shí)間,定殖的細(xì)菌派系總體以富營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌為主(圖3a)。然而,培養(yǎng)時(shí)間顯著影響富營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌和寡營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌相對(duì)豐度(表S4),前者隨著時(shí)間的推移從60%下降到20%,后者從6個(gè)月時(shí)的2.5%上升到30個(gè)月時(shí)的8%(圖3a)。另外,定殖的真菌派系中腐生菌占據(jù)主導(dǎo)地位(圖3b)。腐生真菌的相對(duì)豐度隨時(shí)間增加而減少,ECM真菌和ERM真菌的相對(duì)豐度隨時(shí)間增加而顯著增加。腐生真菌的相對(duì)豐富度隨孔徑減小而增加,ECM真菌、ERM真菌和內(nèi)生真菌的相對(duì)豐富度隨孔徑減小而減少(圖3b)。
圖3?不同培養(yǎng)時(shí)間或網(wǎng)孔大小的(a)細(xì)菌和(b)真菌功能群的相對(duì)豐度;不同小寫字母表示有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p ≤0.05)
大部分細(xì)菌屬受到培養(yǎng)時(shí)間的顯著影響(圖4)。Chitinophaga、Dokdonella、Ferruginibacter、Mucilaginibacter和Pedobacter在培養(yǎng)6個(gè)月后是最豐富的細(xì)菌屬,然后在整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中下降。在收獲6個(gè)月時(shí),Bacillus、Cohnella、Granulicella、Mycobacterium和Paenibacillus等細(xì)菌屬含量不高,但在18和30個(gè)月時(shí)顯著增加。與50和1 μm孔徑處理相比,1000 μm孔徑處理中Acidothermus、Bradyrhizobium、Burkholderia、Cohnella和Mycobacterium屬顯著富集。Cohnella、Labilithrix、Paenibacillus和Rhodococcus相對(duì)豐度與真菌殘?bào)w殘留量呈顯著負(fù)相關(guān)。Acidipila、Dyella、Flavobacterium、Streptacidiphilus和Streptomyces的相對(duì)豐度與真菌殘?bào)w殘留量呈顯著正相關(guān)。
圖4?不同培養(yǎng)時(shí)間或網(wǎng)孔大小的細(xì)菌屬的相對(duì)豐度。其中細(xì)菌屬較為豐富,占總相對(duì)豐度的80%。圓的大小與每個(gè)細(xì)菌屬的相對(duì)豐度有關(guān)。采用雙因素方差分析評(píng)價(jià)了培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔大小對(duì)各細(xì)菌屬相對(duì)豐度的影響,p值用紅色表示(T =時(shí)間,M =網(wǎng)孔大小,I =時(shí)間×網(wǎng)孔大小);ns表示結(jié)果不顯著。不同采樣時(shí)間細(xì)菌屬相對(duì)豐度與真菌殘?bào)w質(zhì)量之間的Pearson相關(guān)性。只顯示了顯著的相關(guān)性(p ≤0.05)
在整個(gè)試驗(yàn)過(guò)程中,Mucor是最豐富的真菌屬,但在后期顯著減少(圖5)。在18和30個(gè)月的采樣次數(shù)中,1000 μm真菌袋中的Mucor相對(duì)豐度也顯著低于50和1 μm真菌袋。第二豐富的Penicillium屬在50 μm真菌袋中的含量顯著高于1000 μm和1 μm真菌袋。此外,Geomyces、Inocybe、Meliniomyces和Penicillium在6個(gè)月的采樣時(shí)間內(nèi)與真菌殘?bào)w質(zhì)量殘留量呈顯著正相關(guān),而Amanita, Mortierella, 、Piloderma和Umbelopsis 在后期采樣時(shí)間內(nèi)與真菌殘?bào)w質(zhì)量殘留量呈正相關(guān)。
圖5?不同培養(yǎng)時(shí)間或網(wǎng)孔大小的真菌屬的相對(duì)豐度。其中真菌屬較為豐富,占總相對(duì)豐度的80%。圓的大小與每個(gè)真菌屬的相對(duì)豐度有關(guān)。采用雙因素方差分析評(píng)價(jià)了培養(yǎng)時(shí)間和網(wǎng)孔大小對(duì)各真菌屬相對(duì)豐度的影響,p值用紅色表示(T =時(shí)間,M =網(wǎng)孔大小,I =時(shí)間×網(wǎng)孔大小);ns表示結(jié)果不顯著。不同采樣時(shí)間真菌屬相對(duì)豐度與真菌殘?bào)w質(zhì)量之間的Pearson相關(guān)性。只顯示了顯著的相關(guān)性(p ≤0.05)
2.?與真菌殘?bào)w相關(guān)的酶活性
β-葡萄糖苷酶活性受培養(yǎng)時(shí)間顯著影響, 6個(gè)月時(shí)高于18個(gè)月或30個(gè)月時(shí)的活性(圖6)。亮氨酸氨基肽酶活性也受培養(yǎng)時(shí)間的顯著影響,18個(gè)月后達(dá)到最大值。相比之下,乙酰氨基葡萄糖苷酶活性不受培養(yǎng)時(shí)間的顯著影響。三種酶活性均不受孔徑處理的顯著影響(圖6)。
圖6?不同培養(yǎng)時(shí)間或網(wǎng)孔大小的酶活性;不同小寫字母表示有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p ≤0.05)
漸近衰減模型顯示真菌殘?bào)w的質(zhì)量損失取決于孔徑大小和時(shí)間。與1000 μm菌袋(k = 5.65)相比,50 μm菌袋和1 μm菌袋的衰變常數(shù)(k = 0.43和k = 0.50)相對(duì)較低。1000 μm菌袋的漸近值是50 μm或1 μm菌袋的1.5倍,這與后期質(zhì)量損失相關(guān)。在第二次和第三次采收中,1000 μm真菌袋中殘留的質(zhì)量穩(wěn)定在~12%,而50 μm和1 μm真菌袋中殘留的質(zhì)量穩(wěn)定在~7%(圖S4,表S6)。
圖7 漸近非線性指數(shù)衰減模型適用于各種網(wǎng)格尺寸的處理
原名:Root presence modifies the long-term decomposition dynamics of fungal necromass and the associated microbial communities in a boreal forest
譯名:北方森林中根系的存在改變了真菌殘?bào)w和相關(guān)微生物群落的長(zhǎng)期分解動(dòng)態(tài)
期刊:Molecular Ecology
IF:5.163
發(fā)表時(shí)間:2021.01.26
第一作者: Fran?ois Maillard
通訊作者:Fran?ois Maillard
合作作者:Peter G. Kennedy, Bartosz Adamczyk, Jussi Heinonsalo, Marc Buée
主要單位:
INRAE, UMR IAM, Université de Lorraine, Nancy, France
Department of Plant and Microbial Biology, University of Minnesota, St. Paul, MN, USA Natural Resources Institute Finland, Helsinki, Finland
Department of Microbiology, University of Helsinki, Helsinki, Finland
Institute for Atmospheric and Earth System Research (INAR)/Forest Sciences, University of Helsinki, Helsinki, Finland
Finnish Meteorological Institute, Helsinki, Finland