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文獻解讀BAIHUI原名:Trophic interactions in soil micro-food webs drive ecosystem multifunctionality along tree species richness譯名:土壤微食物網(wǎng)中的營養(yǎng)級相互作用驅(qū)動了沿樹種豐富度的生態(tài)系統(tǒng)多功能性期刊:Global Change BiologyIF: 11.6發(fā)表日期:2024.03第一作者:Xiuzhen Shi01摘要背景:全球氣候變化導(dǎo)致生物多樣性的快速喪失并影響森林生態(tài)系統(tǒng)功能。然而,我們對跨生物多樣性梯度中多種生態(tài)系統(tǒng)功能的模式和驅(qū)動因子的理解仍然有限。方法:本研究測量了亞熱帶幼林中多種生態(tài)系統(tǒng)功能(養(yǎng)分循環(huán)、土壤碳儲量、有機質(zhì)分解和植物生產(chǎn)力)對樹種豐富度(1、4、8、16和32)的響應(yīng)。結(jié)果:樹種豐富度對養(yǎng)分循環(huán)、有機質(zhì)分解和植物生產(chǎn)力的影響可以忽略不計,但土壤碳儲量和生態(tài)系統(tǒng)多功能性隨著樹種豐富度的增加而顯著增加。線性混合效應(yīng)模型表明,土壤生物,特別是叢枝菌根真菌(AMF)和土壤線蟲,對生態(tài)系統(tǒng)多功能性的相對影響最大。結(jié)構(gòu)方程模型揭示了土壤微食物網(wǎng)中營養(yǎng)級相互作用下樹種豐富度對生態(tài)系統(tǒng)多功能性的間接影響。即革蘭氏陽性菌對土壤線蟲豐度有顯著的負影響(自上而下效應(yīng)),而AMF生物量對土壤線蟲豐度有顯著的正影響(自下而上效應(yīng))。結(jié)論:本研究強調(diào)了多...
發(fā)布時間: 2024 - 04 - 22
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作者: 植物所
發(fā)布時間: 2020 - 03 - 17
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高等植物的葉綠體是十億年前藍藻被真核生物吞噬后經(jīng)內(nèi)共生演化而來,共有3000個左右的蛋白,其中95%以上由核基因編碼。核基因編碼的葉綠體蛋白在細胞質(zhì)中合成后,通過葉綠體內(nèi)、外被膜和類囊體膜轉(zhuǎn)運通道運輸?shù)饺~綠體內(nèi)的不同區(qū)域使葉綠體行使光合作用功能。因此,研究葉綠體蛋白跨膜運輸方式對于探討葉綠體的生物發(fā)生、光合器官的建成和功能以及真核生物的起源和進化等都具有重要意義。此前研究主要關(guān)注的是葉綠體被膜轉(zhuǎn)運通道以及類囊體膜轉(zhuǎn)運通道。然而,葉綠體蛋白在跨過葉綠體被膜之后,是如何穿過擁擠的基質(zhì)空間,并精確地靶定到特異性的類囊體膜受體復(fù)合物的分子機制仍不清楚。中國科學(xué)院植物研究所張立新團隊以模式植物擬南芥為材料,發(fā)現(xiàn)了位于葉綠體基質(zhì)的關(guān)鍵性蛋白轉(zhuǎn)運分選因子STT1與STT2,并揭示了其介導(dǎo)的分選、靶定機制。STT1與STT2形成寡聚體復(fù)合物特異d識別底物信號肽從而結(jié)合、分選底物,之后STT復(fù)合物與類囊體膜受體復(fù)合物Hcf106結(jié)合完成其靶定運輸過程。阻礙STT-Hcf106結(jié)合會阻斷Tat底物的運輸,影響植物光合作用從而導(dǎo)致植物致死的表型。相分離作為近年來細胞生物學(xué)的一個熱點受到了廣泛的關(guān)注,而相分離對植物生理活動的調(diào)控依然不清楚。該研究通過大量的體內(nèi)體外實驗進一步揭示了相分離參與調(diào)控底物的分選、靶定機制:底物結(jié)合激活STT復(fù)合物進一步的組裝相分離形成濃縮的液滴。STT-底物相分離液滴協(xié)助底物穿過葉綠體基質(zhì)從而靶定到類囊體膜。而Hcf106能夠抑制STT的相分離從而釋放底物,完成底物的正確運輸與裝配。該研究首次發(fā)現(xiàn)了相分離(形成液滴)調(diào)控葉綠體蛋白的運輸,從而調(diào)控葉綠體的生物發(fā)生。同時該研究通過分析細菌、酵母、高等植物與動物的分選因子,發(fā)現(xiàn)相分離可能是驅(qū)動蛋白分選運輸?shù)钠毡闄C制。這是國際上首次提出相分離驅(qū)動葉綠體內(nèi)蛋白分選的新機制,強調(diào)了相分離調(diào)控蛋白運輸是在所有物種都存在的普遍機制,同時也開拓了相分離與蛋白運輸?shù)难芯款I(lǐng)域,為研究細胞是如何精確調(diào)控其各種生理活動拓展了思路。該研究成果于3月12日發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊《細胞》(Cell)。
作者:
發(fā)布時間: 2020 - 01 - 13
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11月29日,PLoS Genetics 在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心/植物生理生態(tài)研究所薛紅衛(wèi)研究組題為SPOC domain-containing protein Leaf inclination3 interacts with LIP1 to regulate rice leaf inclination through auxin signaling 的研究論文。該研究發(fā)現(xiàn)水稻中的一個含有SPOC結(jié)構(gòu)域的蛋白Leaf inclination3 (LC3)通過結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子LIP1共同調(diào)控生長素信號,從而調(diào)控水稻葉傾角。水稻是重要的單子葉模式植物,也是我國乃至世界上最主要的糧食作物之一。株型對作物的生產(chǎn)和產(chǎn)量有著重要關(guān)系,而葉傾角又是水稻株型的關(guān)鍵組分之一。研究表明,適當?shù)娜~傾角有利于提高水稻光合效率,通過合理密植,能夠有效提高產(chǎn)量。盡管早已發(fā)現(xiàn)植物激素生長素影響葉傾角大小,且其代謝調(diào)控因子GH3和信號通路的關(guān)鍵組分IAA、ARF等被報道參與了葉傾角的調(diào)控,但對相關(guān)上游調(diào)控因子及機制仍了解較少,有待進一步闡明。研究組在前期工作中發(fā)現(xiàn)水稻缺失突變體LC3表現(xiàn)出葉傾角增大的表型。進一步的遺傳學(xué)、細胞生物學(xué)等分析表明LC3蛋白作為一個轉(zhuǎn)錄抑制子通過與LC3互作的轉(zhuǎn)錄因子LIP1協(xié)同抑制下游基因OsIAA12和OsGH3.2表達,通過抑制生長素信號,最終調(diào)控水稻葉傾角。此外,OsIAA2通過與OsARF17互作抑制生長素信號,揭示了OsIAA2-OsARF17在葉傾角發(fā)育調(diào)控中的特定功能。該研究有助于對生長素信號調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的理解。也對研究植物中具有SPOC結(jié)構(gòu)域的蛋白的功能提供了借鑒。值得一提的是,這是首次發(fā)現(xiàn)的僅含有SPOC結(jié)構(gòu)域而不含RRM SPEN家族的成員。博士生陳素卉和周莉娟為論文第一作者。相關(guān)工作得到國家自然科學(xué)基金項目(91535201)以及“萬人計劃”的資助。(來源:中國科學(xué)院植物生理生態(tài)研究所) SPOC domain-containing protein Leaf inclination3 interacts with LIP1 to regulate rice leaf inclination through auxin signaling Abstract  Leaf angle is an important agronomic trait and influences crop architecture and yield. Studies have demonstr...
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發(fā)布時間: 2018 - 11 - 22
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土壤有機碳時空變異模擬研究取得進展        受限于土壤樣點的時間維屬性,一般的土壤制圖只能獲得固定時間的“靜態(tài)”土壤圖,描述目前或過去狀態(tài)的格局。但是,土壤在不同土地利用條件下未來如何演變,在不同的氣候變化情景下呈現(xiàn)怎樣的時空變化特征?這是土壤時空變化預(yù)測的重要主題。中國科學(xué)院南京土壤研究所張甘霖課題組副研究員宋效東以土地利用變化頻繁的太湖周邊地區(qū)為例,深入研究了土壤有機碳含量空間變異的主導(dǎo)因素,提出了基于土壤發(fā)生理論的啟發(fā)式元胞自動機模型,模擬土壤有機碳含量在土地利用與氣候變化條件下未來60年內(nèi)的時空變異特征。有別于常規(guī)的元胞自動機模型,該方法不僅能夠有效集成影響土壤有機碳含量的靜態(tài)/動態(tài)環(huán)境變量,還能夠根據(jù)土地利用類型(旱地/水田)動態(tài)地度量有機碳富集對臨近區(qū)域有機碳水平遷移的影響范圍。鑒于土地利用類型的重要性,根據(jù)歷史土地利用圖層制作了研究區(qū)未來60年的土地利用變化圖。模擬結(jié)果表明:研究區(qū)土壤表層有機碳含量在未來60年內(nèi)隨著氣溫、降雨的升高與城鎮(zhèn)化進程的推進將呈現(xiàn)持續(xù)上升的趨勢。研究提出的預(yù)測模型為土壤屬性的時空變異模擬提供了新的解決方案與思路。該研究成果發(fā)表在Agriculture, Ecosystems and Environment上。研究得到國家重點研發(fā)計劃(2017YFA0603002)、科技基礎(chǔ)性工作專項(2008FY110600)、國家自然科學(xué)基金(41571130051和41771251)的資助。(來源:中國科學(xué)院南京土壤研究所) Heuristic cellular automaton model for simulating soil organic carbon under land use and climate change: A case study in eastern China Abstract  The concentration of soil organic carbon (SOC) is one of the most important soil properties, and its spatio-temporal variability greatly affects the global climate and agroecology. To investigate the effects of land use and climate change on SOC, a heuristic cellular automat...
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發(fā)布時間: 2018 - 11 - 19
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研究發(fā)現(xiàn)植物草酸代謝途徑關(guān)鍵酶影響玉米營養(yǎng)品質(zhì)            9月10日,The Plant Cell 在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心/植物生理生態(tài)研究所巫永睿研究組題為Maize Oxalyl-CoA Decarboxylase1 Degrades Oxalate and Affects the Seed Metabolome and Nutritional Quality 的研究論文。該研究克隆和功能解析了玉米草酸降解途徑中的關(guān)鍵酶——草酰輔酶A脫羧酶,揭示了草酸代謝參與籽粒儲藏物質(zhì)積累和營養(yǎng)品質(zhì)形成的分子機理。草酸是最簡單的二元酸,在植物體內(nèi)的含量非常高。草酸在調(diào)控金屬脅迫、離子平衡和昆蟲防御等方面起積極作用。然而,過量草酸不僅會影響植物自身發(fā)育,也會影響包括鈣元素在內(nèi)的多種礦物金屬礦物元素的利用;人體從食物中攝入草酸過多會和鈣形成草酸鈣,誘發(fā)形成腎結(jié)石。有報道顯示,植物體內(nèi)存在草酸合成和降解途徑,其中一條降解途徑由四種酶共同作用,分別為草酰輔酶A合成酶、草酰輔酶A脫羧酶、甲酰輔酶A水解酶和甲酸脫氫酶。草酰輔酶A合成酶可以催化草酸形成草酰輔酶A,接著草酰輔酶A在脫羧酶的作用下形成甲酰輔酶A。草酰輔酶A合成酶在多種植物中均被發(fā)現(xiàn),然而卻未有草酰輔酶A脫羧酶的報道,在農(nóng)作物玉米中,草酸的降解代謝途徑還未知,草酸與玉米籽粒發(fā)育、營養(yǎng)物質(zhì)存儲和品質(zhì)調(diào)控的關(guān)系也不清楚。在此項研究中,巫永睿研究組克隆了玉米草酰輔酶A脫羧酶(Oxalyl-CoA Decarboxylase1,OCD1)基因,該基因突變以后籽粒胚乳呈現(xiàn)出粉質(zhì)的表型,同時籽粒的儲存物質(zhì)合成和粒重也發(fā)生下降。由于沒有商業(yè)化的草酰輔酶A脫羧酶底物草酰輔酶A,研究人員嘗試了多種方法,合成了較高純度的草酰輔酶A。體外和體內(nèi)的酶活實驗證實草酰輔酶A脫羧酶可以降解草酰輔酶A產(chǎn)生甲酰輔酶A和二氧化碳。同時,研究人員還發(fā)現(xiàn)早先克隆的玉米經(jīng)典高賴氨酸突變體基因opaque7(o7)編碼草酰輔酶A合成酶,并證明O7可以催化草酸形成草酰輔酶A。另外,靶向和非靶向代謝組學(xué)分析發(fā)現(xiàn),玉米草酰輔酶A基因突變后籽粒胚乳的能量代謝、糖類、氨基酸以及激素含量均受到顯著影響。該項研究闡明了玉米草酸代謝的前兩步反應(yīng),并揭示了草酸降解途徑與籽粒胚乳發(fā)育、代謝和營養(yǎng)品質(zhì)的關(guān)系,為將來遺傳改良草酸含量較高的蔬菜(如菠菜)等提供了候選基因和分子機制。該工作主要由巫永睿研究組副研究員楊俊和博士生付苗苗合作完成。博士生冀晨、...
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發(fā)布時間: 2018 - 11 - 17
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研究揭示干旱對植物群落的調(diào)控機制近日,中科院沈陽生態(tài)所生態(tài)計量化學(xué)團隊以植物群落養(yǎng)分計量為核心,基于草地樣帶調(diào)查和控制實驗的多源數(shù)據(jù)開展定量評估,闡釋了植物對長期和短期水分脅迫的響應(yīng)機制。相關(guān)成果發(fā)表于《生態(tài)學(xué)》(Ecology)。在全球氣候變化背景下,內(nèi)蒙古草原干旱強度和頻度呈多發(fā)趨勢。水分是該生態(tài)系統(tǒng)植物生存和繁衍的主要驅(qū)動因子,干旱事件將對草原生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能產(chǎn)生深遠影響。氮和磷是影響陸地生態(tài)系統(tǒng)植物生存、生長和繁殖的主要因子。因此,該團隊以群落養(yǎng)分計量為全新理念和視角,探究水分脅迫對生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能影響的內(nèi)在機制和過程,厘清種內(nèi)和種間的競爭作用關(guān)系對群落結(jié)構(gòu)和動態(tài)的影響,旨在為理解草地退化機制、加快退化草地恢復(fù)提供參考。研究結(jié)果顯示,長期水分脅迫下,植物通過內(nèi)穩(wěn)態(tài)機制提高養(yǎng)分濃度,增強群落的抵抗能力,物種周轉(zhuǎn)是該過程的主要影響因素,但在短期干旱條件下,群落養(yǎng)分對水分脅迫的響應(yīng)更復(fù)雜。整體而言,群落氮濃度上升、磷濃度下降時,種內(nèi)競爭和物種周轉(zhuǎn)共同影響該生態(tài)過程。此外,不同區(qū)域群落養(yǎng)分響應(yīng)程度具有明顯差異。極度干旱地區(qū),植物群落養(yǎng)分抵御水分脅迫的能力最強,響應(yīng)最遲緩。該團隊表示,未來研究應(yīng)建立大型聯(lián)網(wǎng)干旱實驗平臺,緊密結(jié)合控制實驗和自然梯度實驗,提高實驗結(jié)果的準確性和有效性,為建立草地生態(tài)系統(tǒng)自然評估體系提供重要理論依據(jù)。(來源:中國科學(xué)報唐鳳) Differential responses of canopy nutrients to experimental drought along a natural aridity gradient Abstract  The allocation and stoichiometry of plant nutrients in leaves reflect fundamental ecosystem processes, biotic interactions, and environmental drivers such as water availability. Climate change will lead to increases in drought severity and frequency, but how canopy nutrients will respond to drought, and how these responses may vary with community composition along aridity gradient...
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